La Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) subraya que la tutela efectiva de los derechos de la población indígena –compuesta por 15.7 millones de personas de las cuales 6.6 millones hablan una lengua originaria— no se ha consolidado plenamente en el sistema de prácticas sociales, jurídicas y políticas en el país, a pesar de contar con uno de los mecanismos jurídicos más eficaces contra los fenómenos de discriminación y violencia.
De acuerdo con los expedientes de queja con que cuenta este el organismo nacional, subsisten obstáculos como la persistencia de prácticas discriminatorias, racistas e intolerantes contra integrantes de pueblos y comunidades indígenas; violencia de género contra niñas, niños y adolescentes indígenas; feminicidios contra mujeres indígenas y resistencia social y comunitaria a la participación política de las mujeres indígenas.
También, falta de reconocimiento de los sistemas normativos de los pueblos y comunidades indígenas y la inobservancia del derecho a la consulta libre, previa e informada, ausencia de empleos bien retribuidos y tolerancia del trabajo infantil y sus peores formas, falta de regulación de las empresas trasnacionales extractoras de recursos naturales (mineras y eólicas), dificultad en el acceso a la justicia de las personas indígenas, incluida la problemática de personas indígenas en reclusión.