La secretaría de Gobernación, mediante el Fondo de Desastres Naturales para la reconstrucción (Fonden), destina recursos para apoyar a los estados a reparar la infraestructura afectada por eventos de la naturaleza, como sismos, tormentas y huracanes.
Sin embargo, los gobiernos estatales y municipales no siempre utilizan los recursos de manera adecuada.
La Auditoría Superior de la Federación (ASF), dependiente del Poder Legislativo, y la Secretaría de la Función Pública (SFP), dependiente del Poder Ejecutivo, son las instituciones encargadas de vigilar que los estados ejerzan adecuadamente el dinero del Fonden.

De acuerdo a las auditorías del la SFP, las irregularidades más comunes en las que incurren las entidades al recibir recursos del Fondo de Desastres Naturales son las siguientes:
- Conceptos de obra pagados y no ejecutados. La entidad expidió los pagos para la realización de una obra o reparación, pero no se llevaron a cabo.
- Adquisiciones pagadas en exceso. Materiales fueron adquiridos a un precio mayor al señalado en los comprobantes.
- Adquisiciones suministradas y no instaladas. Los proveedores realizaron la entrega de los materiales o equipamiento urbano, pero éstos no fueron instalados, al menos, hasta el momento de la auditoría.
- Falta de documentación comprobatoria. La entidad federativa no proporcionó los documentos necesarios para la comprobación del ejercicio de los recursos.
- Pagos improcedentes. La entidad auditada proporcionó facturas de otros conceptos, realizó pagos duplicados o ejecutó obras en municipios que no se encontraban en estado de desastre.
- Recursos no ejercidos. El estado recibió el dinero del Fonden, pero no realizó las obras para los cuales estaba destinado.
- Comprobación deficiente de gastos. Los responsables de presentar la documentación de las obras no reunieron facturas o notas de remisión para amparar sus gastos.
De acuerdo a las reglas de operación del Fonden, los estados con calificación negativa en las auditorías están obligados a devolver los recursos ejercidos de manera irregular, además de recibir sanciones administrativas o penales.